Krzemionka stosowana do wypełniania kolumn HPLC jest polimerem krzemu i tlenu z grupami Si-OH (silanolami) na powierzchni. Do tych silanoli są wiązane grupy funkcyjne za pomocą odpowiedniej silanowej pochodnej, w celu modyfikacji podłoża.
Gdy złoże jest modyfikowane, niemożliwe jest zapewnienie 100% pokrycia powierzchni i przereagowanie wszystkich dostępnych grup silanolowych (obecność wolnych grup hydroksylowych na powierzchni krzemionki). Gdy zaczynasz wiązać fazę stacjonarną, pojawia się zawada przestrzenna, przez co kolejne etapy wiązania są trudniejsze niż poprzednie.
Bez pokrycia powierzchni złoże pozostawałaby ze znaczną liczbą dostępnych, wysoce aktywnych resztkowych silanoli, które mogą potencjalnie zmieniać selektywność fazy stacjonarnej. Te resztkowe grupy mają potencjał do tworzenia silnych oddziaływań jonowych i polarnych (często nazywanych „oddziaływaniami drugorzędowymi”) z grupami polarnymi i zasadowymi obecnymi w strukturze analitu. Tak więc, zmniejszenie liczby wolnych silanoli po związaniu fazy stacjonarnej poprzez end-capping jest niezbędne.
Historycznie, zabezpieczenie wolnych silanoli wykonywano za pomocą małej grupy hydrofobowej, podobnej w naturze do trimetylosilanu. W ostatnich latach kilku producentów wprowadziło również inne grupy, aby dodać inny element selektywności do kolumny.