La silice utilisée pour remplir les colonnes HPLC est un polymère de silicium et d'oxygène avec des groupes Si-OH (silanols) en surface. Ces silanols sont utilisés pour y lier des groupes fonctionnels à l’aide d’un réactif silane afin de fonctionnaliser la phase stationnaire.
Même après ces greffages de la phase stationnaire de la colonne HPLC, il est impossible d’assurer 100% de sa couverture. Lorsqu’un silanol est greffé, ce nouveau groupement rend stériquement difficile d’accès le greffage du silanol voisin. Les silanols non greffés fournissent ainsi des groupements hydroxyles actifs libres.
Une colonne sans end-capping aurait une proportion importante de silanols résiduels libres et très actifs, altérant ainsi la sélectivité de la phase stationnaire.
Ces groupements actifs peuvent former des interactions ioniques et polaires assez fortes avec vos composés polaires et basiques. Pour limiter ces interactions secondaires non-souhaitées, il est impératifs de procéder au end-capping.
Historiquement, l’end-capping est l’ajout d’un petit groupement hydrophobe comme le triméthylsilane (TMS). Plus récemment, certaines colonnes ont des groupements plus spécifiques pour apporter une sélectivité particulière.